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日本虽然受到金融危机的直接影响较小，但间接影响较大。2008年第二和第三季度日本GDP已连续两个季度出现负增长，经济明显陷入衰退局面。其主要原因是受金融危机影响，日本对美国出口减少，同时，新兴经济体经济增长放缓，对日本产品需求也减少。
这对日本的出口依赖型经济构成很大冲击。由于金融危机尚未见底且不断蔓延，欧美和新兴经济体的经济状况继续恶化可能性较大，外部需求的进一步降低将导致日本出口继续减少，同时，国内企业利润下降以及出于对经济下行担忧而减少投资和消费都将导致国内需求萎缩，预计日本经济恢复将慢于欧美。
日本日兴资产管理公司大中华区总裁宫里启晖在接受记者访问时表示，一方面由于日本的金融机构也持有来自美国为数不少的金融衍生产品，投资者对其不再信赖而导致这些机构的股价大幅度下跌；另一方面，金融危机向全球蔓延，美元和欧元双双贬值、日元急剧升值、股市大幅下挫将进一步导致日本经济下滑。
宫里说，日本国民大量的金融资产中有相当一部分是美元资产、是用美元计价的，因此美元越贬值其损失也越大，最终会影响消费支出；另外，日本和美国金融机构的利率差是日本国民投资美元资产的直接动因，如果美国经济长期低迷下去，利差将会消失，资金就会回流日本，迫使日元升值美元贬值，并导致企业出口恶化而重创日本经济。
另外，从日本的经济结构来看，2005年至2006年间日本在海外的利息收入和投资收益已超过贸易盈余，日本其实已是一个投资国，而最大的投资地是美国，美国出现问题，对日本的潜在影响无法估量，可能会迫使日本改变增长方式，用扩大内需保持经济增长。但日本社会人口减少、老龄化问题越来越严重，政府债台高筑，能否扩大内需很难预料。
金融危机导致日本经济衰退，日本政府将参考美国的救援方式，必要时将采取措施拯救日本的支柱产业，例如汽车业等。而国内能源严重依赖进口的日本，在考虑长远战略需要的同时，大幅降低对传统能源的依赖，开发新能源。日本有专家甚至信心十足地提出，日本从能源进口大国转变为能源输出大国不再是梦想，日本已经在不知不觉中晋身为新能源大国的行列了。
