入主东阿阿胶之后,华润又将目光对准了三九医药(华润三九前身)。
2004年,三九集团爆发财务危机,被迫进行收缩和重组,2000年上市的三九医药(华润三九前身)也因大股东占用上市公司巨额资金所拖累,步履维艰。
2006年12月,华润作为三九集团潜在战略投资者提交了三九集团重组方案。2007年7月,国务院国资委[微博]批复同意三九集团资产债务重组的整体安排,由华润医药收购新三九控股有限公司并向其增资至30亿元,用于新三九收购三九集团的有效资产。
2008年1月,三九集团并入华润,成为其全资子公司。2010年2月,三九医药更名为华润三九,华润并购重组三九至此画上圆满句号。
几乎与重组三九医药同时,华润又将触角伸向双鹤药业(华润双鹤前身)。双鹤药业1997年上市,控股股东为北京医药集团。北药集团持股双鹤药业48.89%,间接控制万东医疗(华润万东前身)51.51%股份。2006年2月,经国务院国资委批准,华润总公司参与央企华源集团的重组工作。当年12月,华源生命产业有限公司将其持有的北京医药集团50%股权以协议方式转让给华润股份。华润股份由此持有北药集团50%股权,从而间接成为双鹤、万东两家上市公司的实际控制人。
2012年3月,双鹤药业更名为华润双鹤,万东医疗更名为华润万东。
在华润医药旗下上市公司中,华润三九抓中成药和OTC;华润双鹤主打注射剂,兼做处方药和原料药;东阿阿胶主打阿胶系列保健品。挂靠华润医疗集团旗下的华润万东,则主营医疗器械。